El seu pas per la política va començar per la base. Es va afiliar a CDC el 1976 i posteriorment va ascendir a president de districte de CDC i membre del Consell Nacional. Va col·laborar en les campanyes de CiU a les eleccions municipals i generals i va impulsar especialment la projecció de Catalunya a l’exterior, especialment a Mèxic i Veneçuela.
Pujol el va situar al seu costat als anys 80 en què va coordinar els governs de CiU i va impulsar viatges oficials del president als EUA, on es va produir l’entrevista amb el president nord-amercià George Bush, Israel o el Vaticà. Prenafeta també va impulsar la creació de la Corporació Catalana de Radio i Televisió (CCRTV).
El cas Prenafeta
Com a secretari general de la Presidència va viure afers com el de Banca Catalana. Va protagonitzar l’anomenat ‘cas Prenafeta’ per suposades irregularitats mentre exercia el càrrec, que el va enfrontar al fiscal en cap del Tribunal Superior de Justícia de Catalunya, Carlos Jiménez Villarejo. Villarejo l’acusava de tràfic d’influències per les seves relacions amb diverses companyies com Iberia, la Companyia Anònima d’Assegurances, Barcelonesa d’Obres i Contractes o Consultoria d’Economia i Tributs. El 1993 l’Audiència de Barcelona va arxivar les diligències perquè no se li va poder atribuir cap delicte. Els partits de l’oposició van acceptar passar pàgina a nivell judicial, tot i que van demanar responsabilitats polítiques.
El 1990 va tornar a l’empresa privada com a assessor en els sectors immobiliari i elèctric. Va exercir com a president de Petrocat i del Túnel del Cadí i després es va dedicar a les seves inversions en societats a Rússia. També va impulsar el diari El Observador, que va arrancar el 1990 i es va deixar d’editar el 1993, quan ja se n’havia venut les accions. El 2001 va crear la Fundació Catalunya Oberta, de caràcter catalanista i liberal, de la què n’és vicepresident.
