ACN Barcelona.-Un equip format per investigadors de l’Institut d’Investigació Biomèdica de Bellvitge (IDIBELL) i de l’Instiut Català d’Oncologia (ICO) ha impulsat un estudi pilot de seqüenciació de la microbiota intestinal que assenta les bases per a la recerca de marcadors de detecció precoç de càncer de colon. En concret, han fet una prova pilot en l’anàlisi del genoma de la microbiota intestinal i han analitzat per dos mètodes de seqüenciació diferents biòpsies de còlon i mostres fecals de nou pacients. L’objectiu ha estat posar a punt les tècniques de seqüenciació i les eines d’anàlisi bioinformàtic. La microbiota intestinal pot donar pistes de l’estat de salut d’una persona i pot ajudar a predir malalties com el càncer de colon.
Aquest estudi és el primer treball d’un projecte que pretén ser molt més extens. Les dades obtingudes de la prova pilot serviran de base per al disseny del mètode d’anàlisi del projecte ‘Colonbiome’, que té per objectiu buscar marcadors de la microbiota que serveixen per detectar precoçment el càncer de còlon. Per fer-ho, es recolliran biòpsies de còlon i mostres de femta de pacients sants i pacients amb diferents fases de la malaltia, després se’n seqüenciarà el genoma de la microbiota per identificar les diferències entre els grups. Totes les dades obtingudes en l’estudi han estat introduïdes a l’European Nucleotide Archive, una base de dades pública i col·laborativa, on es comparteixen seqüències genòmiques de tota mena per a l’aprofitament de la comunitat científica. A més, els resultats de la prova pilot han estat publicats a la revista ‘Scientific Data’. L’estudi pretén també ser una ajuda per a tots els grups de recerca que estiguin fent anàlisis similars o provant noves eines bioinformàtiques. En l’estudi s’han comparat dos mètodes de seqüenciació: el 16s i el Shotgun. El primer desxifra la seqüència d’un sol gen dels microorganismes, mentre que el segon dona la seqüència completa de tot el genoma. Tot i que en seqüenciar un únic gen es per resolució, pot resultar més econòmic, apunten els experts. A més el fet de seqüenciar un gen només present en la microbiota permet analitzar mostres de biòpsies sense que el genoma humà hi interfereixi. Els investigadors han defensat que la prova pilot ha mostrat que ambdues tècniques són consistents. Tot i que la seqüenciació completa és més sensible i s’hi distingeixen més espècies de micoorganismes, en cap moment contradiu els resultats obtinguts en seqüenciar un únic gen.
